Parallel zur Erforschung der vollständigen Handschriften wurde der bis auf wenige Quellen völlig unbekannte Fragmentbestand mittelalterlicher Musikhandschriften der Österreichischen National­bibliothek Wien (ÖNB) erschlossen. Es liegen aktuell Kurz­beschreibungen und vollständige Gesang­inventare zu 675 Fragment­faszikel vor. Eine Datenbank mit grundlegenden Informationen und Abbildungen aller Fragmente ist hier online recherchierbar. Eine Auswahl an besonderen Fragmenten ist in gedruckter Form als Supplement 5 Ausgewählte Musikfragmente der Öster­reichi­schen Natio­nal­biblio­thek Wien in der Zeitschriftenreihe Codices manuscripti 2011 erschienen. Ein weiteres Supplement der Reihe (Nr. 7), 2012 erschienen, beschäftigt sich mit der mittel­alter­lichen Musik- und Liturgiegeschichte des Klosters Mondsee und dokumentiert eine große Zahl Mondseer Fragmente.

Der Fragmentbestand wurde von Robert Klugseder erschlossen, digitalisiert und mit grund­legenden Informationen in einer Datenbank dokumentiert. Für die In­vent­arisie­rung der Gesänge waren Ana Čizmić und Studierende des Instituts für Musik­wissen­schaft der Universität Wien ver­antwortlich. In Rahmen von projektbegleitenden Lehr­ver­an­stal­tun­gen wurden die studentischen Mitarbeiter von Klugseder ausgebildet und auf die Arbeit mit mittelalterlichen Quellen vorbereitet.